এই বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীন কলেজগুলোর পড়াশোনার মান নিয়েও বিস্তর প্রশ্ন আছে। অন্যদিকে শিক্ষার্থীপিছু সবচেয়ে বেশি ব্যয় করে বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়। এই বিশ্ববিদ্যালয় শিক্ষা ও গবেষণাতেও তুলনামূলকভাবে এগিয়ে।তবে এটি ঠিক অন্যান্য বিশ্ববিদ্যালয়ের তুলনায় জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষার্থীদের জন্য বাজেট কম। অন্যান্য বিশ্ববিদ্যালয়ের সঙ্গে সামঞ্জস্য করে খরচ করলে নিঃসন্দেহে শিক্ষার মানও বাড়বে।
